こんにちは。たけ@キカックです。そろそろCentOS7が出そうで楽しみです。
先日MySQLの遅いクエリを探すということをしました。いろいろとググって、結果以下のような設定を行いました。

[root@localhost ~]# yum install mysql-server
[root@localhost ~]# vi /etc/my.cnf

[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0
character-set-server = utf8

# ログを取得
general-log=TRUE
general-log-file=/var/log/mysql/query.log


#slow query log
slow_query_log=1
log_output = FILE
slow_query_log_file=/var/log/mysql/slow.log
long_query_time=0

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysql/error.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
[root@localhost mysql]# vi /etc/rc.d/init.d/mysqld

        $exec   --datadir="$datadir" --socket="$socketfile" \
                --pid-file="$mypidfile" \
                --basedir=/usr --user=mysql >/dev/null 2>&1 &
        safe_pid=$!

↓ ( –log を追加 )

        $exec   --log  --datadir="$datadir" --socket="$socketfile" \
                --pid-file="$mypidfile" \
                --basedir=/usr --user=mysql >/dev/null 2>&1 &
        safe_pid=$!
[root@localhost mysql]# /etc/rc.d/init.d/mysqld restart

クエリログを保存するようにすると結構リソースを食われるので、ほどほどにしておいた方が良さそうです。
さくらVPS1Gなので、あまり無茶はできません……。